"L'histoire débute en présentant un Neo qui semble avoir oublié la Matrice, ayant des rendez-vous réguliers chez le psy à cause de rêves fréquents. Il rencontre également Trinity dans un café, mais ils ne se reconnaissent pas. Que s'est-il passé ?

Lorsqu'un jour, un individu mystérieux présente à Neo une pilule rouge et une pilule bleue en prononçant ces mots : "Il est temps de voler..."